Od maja do października 1917 roku – gdy toczyła się pierwsza wojna światowa, kiedy w Portugalii sprawował rządy antykościelny reżim, a w Rosji zaczynała szaleć rewolucja – na obrzeżach miasteczka Fatima, w miejscu zwanym Cova da Iria, Matka Boża ukazywała się trojgu wiejskim dzieciom. Byli to Łucja dos Santos (10 lat), Hiacynta Marto (7 lat) i Franciszek Marto (9 lat). Pochodzili z podfatimskiej wioski Aljustrel, której mieszkańcy trudnili się hodowlą owiec i uprawą winorośli.

Wcześniej, zanim pastuszkom objawi się Matka Boża, przez ponad rok, od marca 1916 roku, przygotowuje ich na to Anioł. Na wzgórzu Loca do Cabeco dzieci odmawiają różaniec i zaczynają zabawę. Raptem, gdy słyszą silny podmuch wiatru widzą przed sobą młodzieńca. Przybysz mówi: Nie bójcie się, jestem Aniołem Pokoju, módlcie się razem ze mną”. Następnie uczy ich jak mają się modlić, słowami: „O mój Boże, wierzę w Ciebie, uwielbiam Cię, ufam Tobie i kocham Cię. Proszę, byś przebaczył tym, którzy nie wierzą, Ciebie nie uwielbiają, nie ufają Tobie i nie kochają Ciebie”. Nakazuje im modlić się w ten sposób, zapewniając, że serca Jezusa i Maryi słuchają uważnie ich słów i próśb. Anioł w kolejnych miesiącach objawiał się im kilkakrotnie, zachęcając także do umartwień, które byłyby zadośćuczynieniem za grzechy ludzi. Wyjaśnia, że „w ten sposób ściągniecie pokój na waszą ojczyznę”. Wyjaśnia, że jest on Aniołem Stróżem Portugalii. Pewnego dnia udziela im Eucharystii, a dzieci, podczas ekstazy eucharystycznej – jak później wspomina s. Łucja – doświadczają realnej obecności Chrystusa pod postaciami chleba i wina.

Wreszcie, nadchodzi 13 maja 1917 r. dzień, który otwiera sześć spotkań dzieci z Maryją, zakończonych „cudem słońca” w dniu 13 października. Troje dzieci wypasając owce w Cova da Iria spotykają „Jasną Panią”. Otrzymują od Niej orędzie, którego w wielu fragmentach nie rozumieją, zachowując dla siebie. Siostra Łucja będzie je ujawniać stopniowo po latach, a o upublicznieniu najbardziej strzeżonej „Trzeciej tajemnicy fatimskiej” zadecyduje św. Jan Paweł II dopiero w 2000 roku. „Jasna Pani”, gdyż dopiero na koniec objawień wyjawia swe imię (jestem Matką Bożą Różańcową), przekazuje pastuszkom niezwykle bogate w treści przesłanie i liczne polecenia. Poczynając od 13 maja w kolejnych miesiącach prosi je, aby codziennie odmawiały różaniec w intencji pokoju, aby przyjmowały cierpienia jako zadośćuczynienie za grzechy i nawrócenie grzeszników, ukazuje im swoje Niepokalane Serce, mówi, że Pan Jezus pragnie, by kult Jej Serca się szerzył, zapowiada wielki cud na zakończenie objawień. Maryja przepowiada dzieciom, że będą musiały wiele wycierpieć lecz łaska Boża ich nie opuści. Z Matką Bożą rozmawia tylko najstarsza Łucja. Ona jedyna z trojga pastuszków widzi, słyszy i może mówić do Maryi. Hiacynta tylko widzi i słyszy, Franciszek zaś jedynie widzi. Podczas pierwszego z objawień 13 maja dzieci są same, w czerwcu towarzyszy im ok. 50 osób, ich liczba stopniowo wrasta by w październiku osiągnąć nawet ok. 70 tys. przybyszów z całej Portugalii.

Jan Paweł II początkowo nie interesował się specjalnie Fatimą. Zaczęła ona nurtować go po zamachu z 13 maja 1981 r. Poprosił o tekst objawień. Po opuszczeniu Polikliniki Gemelli, Jan Paweł II oświadczył: „Zrozumiałem, że jedyną drogą uniknięcia wojny, uratowania świata przed ateizmem, jest nawrócenie Rosji zgodnie z fatimskim orędziem”. To jego przekonanie potwierdziła s. Łucja w liście adresowanym doń z 12 maja 1982 r. Pisze w nim, że trzecia część tajemnicy odnosi się do słów Matki Bożej: „Jeżeli przyjmą moje żądania, Rosja nawróci się i zaznają pokoju; jeżeli nie, rozszerzy swoje błędne nauki po świecie.”

W rok po zamachu Jan Paweł II odbył pielgrzymkę do Fatimy, traktując ją jako wotum wdzięczności Matce Bożej za ocalenie życia. W kazaniu wyjaśnił, czemu Kościół przyjął orędzie Matki Bożej Różańcowej – jest tak dlatego, że zawiera prawdę i wezwanie, które są w swej zasadniczej treści prawdą i wezwaniem samej Ewangelii. „Nawracajcie się i wierzcie w Ewangelię” – to przecież pierwsze słowa, jakie Mesjasz skierował do ludzkości” – mówił.

Będąc w Fatimie zawierzył też świat i Rosję Niepokalanemu sercu Maryi. Siostra Łucja prosiła go jednak o ponowienie tego aktu, gdyż nie był on dokonany w łączności ze wszystkimi biskupami.

25 marca 1984 r. Jan Paweł II w duchowej jedności ze wszystkimi biskupami świata (uprzednio do tego wezwanymi) w Bazylice św. Piotra zawierzył ponownie świat i Rosję Maryi. Siostra Łucja osobiście potwierdziła, że taki uroczysty i powszechny akt odpowiadał temu, czego żądała Matka Boża. Jednocześnie dodała, że być może akt ten ustrzegł świat od wojny atomowej.

Trzecią, ukrywaną na życzenie samej Matki Bożej część tajemnicy, siostra Łucja spisała po latach, na żądanie swojego ordynariusza, biskupa Jose da Silva 3 stycznia 1944 r. Powiadomiła biskupa, że tekst został zredagowany i jest do jego dyspozycji w zalakowanej kopercie, z adnotacją, że może ona zostać otwarta dopiero w 1960 r. Od 1957 r. koperta znajdowała się w Tajnym Archiwum Świętego Oficjum.

Dopiero w czerwcu 2000 r. w ramach Wielkiego Jubileuszu chrześcijaństwa, Jan Paweł II, po 56 latach od spisania przez siostrę Łucję, ujawnił trzecią tajemnicę fatimską. Zrobił to w jego imieniu kard. Joseph Ratzinger, sprawujący wówczas urząd prefekta Kongregacji Nauki Wiary. Jej tekst brzmi:

„Po dwóch częściach, które już przedstawiłam, zobaczyliśmy po lewej stronie Naszej pani nieco wyżej Anioła trzymającego w lewej ręce ognisty miecz; iskrząc się, wyrzucał języki ognia, które zdawało się, że podpalą świat; ale gasły one w zetknięciu z blaskiem, jaki promieniował z prawej ręki Naszej Pani w jego kierunku; Anioł wskazując prawą ręką ziemię, powiedział mocnym głosem: Pokuta, Pokuta, Pokuta!

I zobaczyliśmy, w nieogarnionym świetle, którym jest Bóg: (coś podobnego do tego, jak widzi się osoby w zwierciadle, kiedy przechodzą przed nim) Biskupa odzianego w biel (mieliśmy przeczucie, że to jest Ojciec Święty). Wielu innych biskupów, kapłanów, zakonników i zakonnic wchodzących na stromą górę, na której szczycie znajdował się wielki Krzyż zbity z nieociosanych belek, jak gdyby z drzewa korkowego pokrytego korą; Ojciec Święty, zanim tam dotarł, przeszedł przez wielkie miasto w połowie zrujnowane i na poły drżący, chwiejnym krokiem, udręczony bólem i cierpieniem, szedł, modląc się za dusze martwych ludzi, których ciała napotykał na swojej drodze; doszedłszy do szczytu góry, klęcząc u stóp wielkiego Krzyża, został zabity przez grupę żołnierzy, którzy kilka razy ugodzili go pociskami z broni palnej i strzałami z łuku i w ten sam sposób zginęli jeden po drugim inni biskupi, kapłani, zakonnicy i zakonnice oraz wiele osób świeckich, mężczyzn i kobiet różnych klas i pozycji. Pod dwoma ramionami Krzyża były dwa Anioły, każdy trzymający w ręku konewkę z kryształu, do których zbierali krew Męczenników i nią skrapiali dusze zbliżające się do Boga”.

Kard. Ratzinger wyjaśniał, że opublikowany tekst ma charakter proroczej wizji. „Anioł z ognistym mieczem stojący po lewej stronie Matki Bożej przypomina podobne obrazy z Apokalipsy. Przedstawia groźbę sądu, wiszącą nad światem. Myśl, że świat może spłonąć w morzu ognia, nie jawi się już bynajmniej jako wytwór fantazji: człowiek sam przez swe wynalazki zgotował na siebie ognisty miecz”.

Prefekt kongregacji zaznaczał, że tej niszczącej sile zła może się przeciwstawić tylko Matka Boża z ludźmi, którzy przyjmują jej wezwanie do pokuty i nawrócenia. Dodał, że w ten sposób „zostaje podkreślone znaczenie wolności człowieka, gdyż przyszłość nie jest bynajmniej nieodwołalnie przesądzona”.

Prorocza wizja trzeciej tajemnicy fatimskiej – jego zdaniem – w symboliczny sposób mówi o wielkich prześladowaniach, cierpieniach i męczeństwie wielu wyznawców Chrystusa, wśród których są również kapłani, biskupi oraz papieże dwudziestego wieku. Wielkie zniszczenia i prześladowania są spowodowane przez ludzi zniewolonych przez ateistyczne ideologie walczące z Bogiem, a w sposób szczególny przez komunizm.

Trzecia tajemnica fatimska – jak podkreślił – jest dramatycznym ostrzeżeniem przed ateizmem, ponieważ największym zagrożeniem dla ludzkości jest odrzucenie Boga i Jego praw, zarówno przez ateizm w wydaniu komunistycznym jak i przez ateizm ukryty w tej najbardziej rozpowszechnionej mentalności życia takiego, jakby Bóg nie istniał.

Jednocześnie kard. Ratzigner odniósł pośrednio tę wizję do zamachu na Jana Pawła II z 1981 r. Wyjaśniał, że papież „tamtego dnia znalazł się bardzo blisko granicy śmierci”, a jego ocalenie „jest jeszcze jednym dowodem na to, że nie istnieje nieodwołalne przeznaczenie, że wiara i modlitwa to potężne siły, które mogą oddziaływać na historię”.

A jako Benedykt XVI, po pięciu latach swojego pontyfikatu, Joseph Ratzinger przybył do Fatimy 13 maja 2010 r. „Łudziłby się ten, kto sądziłby, że prorocka misja Fatimy została zakończona” – mówił. A nawiązując do zbliżającego się jubileuszu objawień w 2017 r., prosił: „Oby te lata, które dzielą nas od stulecia Objawień, przyspieszyło zapowiadany triumf Niepokalanego Serca Maryi ku chwale Trójcy Przenajświętszej”.